Khi mưa to, gió lớn, cây trồng dễ đổ ngã, vườn cây ẩm ướt và thiếu ánh sáng, là điều kiện thuận lợi cho các loại vi khuẩn và nấm phát sinh gây hại cây trồng. Để giảm thiểu thiệt hại vườn cây, cần thực hiện một số biện pháp sau:
Tỉa cành, tạo tán cây thích hợp trước mùa mưa: Cắt tỉa những cành tăm trong khung tán lá, cành có sâu bệnh, cành đã thu quả, cành vượt, tạo khung tán lá có dạng hình cái dù hoặc mâm xôi, làm cho vườn cây thông thoáng. Với những loại cây mà bộ rễ ăn nông (ví dụ như đu đủ) nên cắm cọc ở gần gốc cây rồi buộc cây vào cọc để chống đổ ngã (tốt nhất là cắm 3 cọc chụm lại theo kiểu hình chóp). Khơi thông cống rãnh xung quanh và mặt vườn để thoát nước nhanh.
Bón thúc vườn cây vào đầu mùa mưa: Phân chuồng hoai mục + phân NPK, hoặc DAP, hoặc phối hợp các loại phân đơn đạm-lân-kali theo tỉ lệ 1: 4 : 1, bón theo quy trình kỹ thuật trồng cây do khuyến nông hướng dẫn. Xới xáo phá váng đất mặt sau khi mưa lớn để thoát nước và các khí độc trong đất qua bốc hơi, kết hợp dựng ngay những cây đổ ngã.
Bón thúc vườn cây vào cuối mùa mưa: Loại phân bón và kỹ thuật bón phân cơ bản theo nguyên tắc lần bón thúc trước mùa mưa. Lần bón này rất quan trọng để cây trồng sang thời kỳ ra hoa đậu trái.
Phun thuốc bảo vệ thực vật phòng trừ sâu bệnh: Phun cơ bản 2 lần. Lần 1 sau khi bón thúc đầu mùa mưa; lần 2 sau khi bón thúc cuối mùa mưa. Ngoài ra, tùy theo diễn biến sâu bệnh vườn cây mà có những biện pháp phòng trừ bổ sung kịp thời và hiệu quả. Nếu vườn cây gần ao đang nuôi cá thì không nên dùng các loại thuốc hóa học như Chlorpyrifos, BetaCypermethrin, Diazinon, Endosulfan, Fenvalerate để phun vì các loại thuốc này rất độc với cá, có thể khuếch tán vào nước ao làm chết cá. Khi phun thuốc phòng trừ sâu bệnh phải tuân theo nguyên tắc 4 đúng, mang đầy đủ bảo hộ lao động: quần áo bảo hộ, giày-ủng, găng tay, nón hoặc mũ, khẩu trang hoặc mặt nạ, kính mắt.