Trùn quế không thể nhai các thực phẩm tươi sống vì chúng không có răng, cơ miệng hay quai hàm, cũng không có dạ dày thực sự. Chúng dựa vào các vi khuẩn tràn ngập xung quanh cơ thể để thực sự phân hủy các thức ăn.
Mối quan hệ giữa trùn quế và các vi khuẩn hiếu khí hay các vi khuẩn kèm theo chúng là một trong những ví dụ hoàn hảo nhất của đời sống cộng sinh. Trùn quế mang hàng triệu vi khuẩn trên da, trong chất nhầy tiết ra để giữ độ ẩm và đầy nhúc bên trong ruột trùn, đặc biệt là trong phân của chúng, sản phẩm cuối cùng này là Vermicompost (phân trùn quế).Các thực phẩm héo úa thối giữa đã bị biến đổi đáng kể, vì vậy chúng được trùn hút vào cơ thể như một chất bùn nhão, nhầy nhụa. Thức ăn đi trực tiếp vào cổ họng và hướng vào bộ máy tiêu hóa rất thô sơ, cùng với khối lượng lớn vi khuẩn tràn ngập trong chất nhầy.Trong môi trường ấm áp và an toàn của bộ tiêu hóa trùn, vi khuẩn sinh sản gấp 10 lần và tiếp tục quá trình phân hủy thức ăn, thay đổi các chất phức tạp thành các thành phần cơ bản – các enzyme, hợp chất và các nguyên tố vi lượng. Kết quả của quá trình này cung cấp thực phẩm bổ dưỡng cho cả trùn quế và vi khuẩn. Nó cung cấp năng lượng cần thiết cho sự sống, phát triển và sinh sản. Điều này thật sự có lợi cho cả hai loài sinh vật.
Một số lượng lớn các vi khuẩn này được phóng thích trở lại vào môi trường nuôi trùn quế, cùng với các sản phẩm chất cặn hoặc phân trùn – Vermicompost của chúng ta. Các vi khuẩn sẽ sinh sôi trong môi trường lý tưởng của ruột trùn, cùng với sự gia tăng đáng kể về số lượng, một lần nữa các vi khuẩn sẵn sàng tấn công các nguồn thực phẩm mới và bắt đầu lại tất cả quá trình trên.
Vì tầm quan trọng to lớn của nó, sản phẩm Vermicompost, bài tiết ra từ trùn quế được xử lí hoàn hảo bởi các vi khuẩn dưới dạng các nguyên tố và hợp chất, dễ dàng được sử dụng cho cây trồng, cung cấp một loại thực phẩm nhiều dưỡng chất cho cây. Hơn nữa bất kì độc tố và các vật liệu nhiễm độc nào sẽ được trung hòa đồng thời bởi các vi khuẩn trong ruột trùn, như các vật liệu gây bệnh dạng phức tạp cũng bị biến đổi thành dạng đơn giản hơn. Mối đe dọa của chúng đối với thực vật và sức khỏe con người đã bị vô hiệu hóa bởi các hoạt động của tất cả các vi sinh vật có lợi trong đường ruột của trùn. Mặt khác, khi Vermicompost “tươi” được đưa vào đất để nuôi dưỡng cây, các vi khuẩn có lợi tiếp tục quá trình này trong các khu vực xung quanh rễ và thực sự “khử trùng” đất bằng cách tấn công bất kì vi khuẩn gây bệnh nào. Đây là điều tuyệt vời nhất khi sử dụng trùn quế và đội quân vi khuẩn tí hon hùng mạnh của chúng cho vườn rau của bạn.